Cibali Ortaokulu, adını İstanbul’un tarihî semtlerinden biri olan Cibali‘den almaktadır. Semtin adı, İstanbul’un fethi sırasında şehit düştüğü rivayet edilen Cebe Ali’ye dayanmaktadır. Zaman içerisinde “Cebe Ali” ismi halk arasında “Cibali” olarak kullanılmaya başlanmış ve günümüze kadar ulaşmıştır.

Okul, 1939 yılında eğitim öğretime başlamış olup, kuruluşundan bu yana bölgenin önemli eğitim kurumlarından biri olarak hizmet vermektedir. Tarihî süreç içerisinde okul binası çeşitli bakım, onarım ve yenileme çalışmalarıyla günümüz eğitim ihtiyaçlarına uygun hâle getirilmiştir.

İstanbul’da yürütülen deprem riskine karşı güçlendirme çalışmaları kapsamında okul binamız geçici olarak tahliye edilmiş, eğitim öğretim faaliyetleri Riyaziyeci Salih Zeki İlkokulu binasında sürdürülmektedir.

Köklü geçmişi, eğitimde kalite anlayışı ve çağdaş eğitim yaklaşımıyla Cibali Ortaokulu, öğrencilerini akademik, sosyal ve kültürel alanlarda en iyi şekilde geleceğe hazırlamaya devam etmektedir.