Fethiye İmam Hatip Ortaokulunun bulunduğu tarihî yapı, kaynaklara göre II. Selim’in kızı İsmihan Sultan tarafından yaptırılan ve Fethiye Medresesi olarak da bilinen Sinan Paşa Medresesinin bir bölümünü oluşturmaktadır. Medrese, Fethiye Camii avlusunda yer almakta olup, Osmanlı klasik dönem mimarisinin önemli eserleri arasında gösterilmektedir.

Osmanlı Devleti’nin Safevilerle yaptığı savaşlar sonucunda Gürcistan ve Azerbaycan’ın Osmanlı hâkimiyetine girmesinin ardından, eski Pammakaristos Kilisesi, III. Murad’ın emriyle yaklaşık 1590 yılında Fethiye Camiine dönüştürülmüştür. Aynı dönemde Sadrazam Koca Sinan Paşa, 1590-1591 yıllarında cami külliyesinin bir parçası olarak medreseyi inşa ettirmiştir.

Medrese, 1903 yılında eğitim öğretim faaliyetlerine başlamıştır. 1911-1915 yılları arasında, Osmanlı Devleti’nin son Evkaf Nazırlarından ve şeyhülislamlarından Musa Kâzım Efendi adına yeniden inşa edilmiş; tarihî haritalardan yeni yapının eski medrese ile aynı plan doğrultusunda yapıldığı anlaşılmaktadır. II. Meşrutiyet döneminde gerçekleştirilen eğitim reformları kapsamında medresede dinî ilimlerin yanı sıra pozitif bilimler de okutulmuştur.

3 Mart 1924 tarihinde kabul edilen Tevhid-i Tedrisat Kanunu ile medreselerin kapatılmasının ardından bina bir süre boş kalmış, daha sonra yangın mağduru ailelerin (harikzedelerin) barınması amacıyla kullanılmıştır.

Aynı yıl, İstanbul 20. Okulunun başöğretmenlerinden Asım Özel, Millî Eğitim idaresinin desteğiyle binayı eğitim kurumuna dönüştürmek üzere gerekli düzenlemeleri yaptırmıştır. Küçük odalar arasındaki duvarlar kaldırılarak bina okul kullanımına uygun hâle getirilmiş ve 1924 yılında Çandarlı Kara Halil Numune Okulu buraya taşınmıştır.

İlerleyen yıllarda okulun adı önce 6. İlkokul, 1948-1949 eğitim öğretim yılında ise Fethiye İlkokulu olarak değiştirilmiştir. 1953 yılında artan öğrenci sayısı nedeniyle okul Fethiye I. İlkokulu ve Fethiye II. İlkokulu olmak üzere iki ayrı okul şeklinde faaliyet göstermiş, 1959 yılında ise Fethiye II. İlkokulu kapatılarak eğitim tek okul bünyesinde sürdürülmüştür.

1995-1996 eğitim öğretim yılında, sekiz yıllık kesintisiz temel eğitim uygulamasına geçilmesiyle okulun adı Fethiye İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir.

2012-2013 eğitim öğretim yılında, 30 Mart 2012 tarihli ve 6287 sayılı Kanun kapsamında eğitim sisteminde yapılan düzenleme doğrultusunda okul Fethiye İmam Hatip Ortaokulu statüsüne dönüştürülmüş ve eğitim öğretim faaliyetlerini bu adla sürdürmeye başlamıştır.

Bugün Fethiye İmam Hatip Ortaokulu, yüzyılları aşan tarihî geçmişi ile kültürel mirası yaşatan, tarihî bir yapıda çağdaş eğitim anlayışını sürdüren köklü eğitim kurumlarından biri olarak hizmet vermeye devam etmektedir.