Okul, Kurtuluş Savaşı’nın devam ettiği 1920’li yıllarda, Fatih 19. Okulu adıyla Keçeciler Caddesi’nde, Akşemseddin Mescidi yanında bulunan iki katlı ahşap binada iki sınıflı olarak eğitim öğretime başlamıştır.

Okulun bitişiğinde yer alan ve günümüzde Fatih İlçe Millî Eğitim Müdürlüğü olarak kullanılan bina, o dönemde Hırka-i Şerif Camii’nde muhafaza edilen, Hz. Muhammed’in Veysel Karânî’ye hediye ettiği Hırka-i Şerif’in korunması amacıyla kurulmuş polis karakolu olarak hizmet vermekteydi. Karakol, bu görevini 1925 yılına kadar sürdürmüştür.

Okulun, Atatürk’ün kongre arkadaşlarından Mahzar Müfit Kansu’nun eşi ve Fatih 19. Okulu Müdiresi Makbule Kansu tarafından kurulmuştur. 1925 yılında, öğrenci sayısındaki artış nedeniyle okul ile karakolun yerleri değiştirilmiş, böylece okulun kapasitesi artırılmıştır.

1927 yılında, Atatürk’ün kız kardeşi Makbule Atadan, okulun fahri başkanlığını üstlenerek eğitim faaliyetlerine önemli katkılar sağlamıştır.

Eğitimde elde edilen başarılar, okula olan ilginin artması ve semt nüfusunun hızla çoğalması nedeniyle okul binası yetersiz kalmış; önce ikili öğretime, daha sonra ise bahçeye kurulan barakalarla üçlü öğretime geçilmiştir.

1953 yılında, okulun önemli bir bölümünü oluşturan bugünkü ek bina inşa edilmiş ve dönemin İstanbul Valisi Fahrettin Kerim Gökay tarafından hizmete açılmıştır. Aynı dönemde 10. Okul, Hırka-i Şerif İlkokulu adıyla bu binaya taşınırken, uzun yıllar 53. Okul olarak faaliyet gösteren okul ise Atikali Okulu adıyla günümüzde Fatih İlçe Millî Eğitim Müdürlüğü olarak kullanılan binaya taşınmıştır.

Artan nüfus ve eğitim ihtiyacı nedeniyle mevcut binaların yetersiz kalması üzerine, dönemin okul müdürü Mustafa Ersoy’un büyük çabalarıyla 1968 yılında bugünkü ana okul binası inşa edilerek Türk eğitimine kazandırılmıştır.

1994-1995 eğitim öğretim yılından itibaren okul, Hırka-i Şerif İlköğretim Okulu adıyla iki binasında eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürmüştür.

2020-2021 eğitim öğretim yılı Ekim ayında, okul binası yeniden yapılmak üzere yıkılmıştır. Yapım sürecinin tamamlanmasının ardından okul, 2022-2023 eğitim öğretim yılında yeni binasında hizmet vermeye başlamıştır.

TMSF bünyesindeki Koza Altın İşletmeleri AŞ tarafından bağış olarak yaptırılan yeni okul binasında, 19 derslik ve 1 ana sınıfı dersliği olmak üzere toplam 20 derslik ile eğitim öğretim faaliyetleri sürdürülmektedir.

Köklü geçmişi, tarihî mirası ve çağdaş eğitim anlayışıyla Hırka-i Şerif İlkokulu, öğrencilerini millî ve manevi değerlerle donatarak geleceğe hazırlamaya devam etmektedir.