Okulun bulunduğu alanda geçmişte Menemenlizade Konağı olarak bilinen iki büyük ahşap bina yer almaktaydı. Dönemin önemli yapıları arasında bulunan bu konaklarda uzun yıllar çeşitli eğitim kurumları faaliyet göstermiştir.

1928 yılına kadar bu binalarda Tıbbiye Okulu, Eczacı Okulu, Dişçi Okulu, Vefa Lisesi ve Kız Sanat Okulu eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürmüştür.

1928 yılında Kumkapı semtinde ilkokul ihtiyacının ortaya çıkması üzerine Menemenlizade Konağı ilköğretimin hizmetine tahsis edilmiştir. Boşaltılan binalardan biri Eminönü 3. İlkokulu olarak eğitim öğretime başlamış, öğrenci sayısının kısa sürede artması üzerine ikinci binada Eminönü 61. İlkokulu açılarak bölgenin eğitim ihtiyacına önemli katkı sağlanmıştır.

Her iki okul, 1947 yılına kadar bu binalarda eğitim vermeye devam etmiştir. Ahşap yapıların zamanla yıpranarak çökme tehlikesi göstermesi üzerine okullar Kumkapı Ortaokulu binasına taşınmış ve burada dört yıl boyunca ikili öğretim sistemiyle eğitim faaliyetlerini sürdürmüştür.

Bu süreçte İstanbul Millî Eğitim Müdürlüğü, Menemenlizade Konağı’nı İl Özel İdaresine satın aldırarak yıktırmış, yerine modern bir okul binası inşa ettirmiştir. Böylece semt çağdaş bir ilköğretim kurumuna kavuşmuştur.

3 Ekim 1951 tarihinde düzenlenen törenle Eminönü 3. İlkokulu ve Eminönü 61. İlkokulu, yeni okul binalarında eğitim öğretime başlamıştır.

1960-1961 eğitim öğretim yılı başında Eminönü 3. İlkokulu ile Eminönü 61. İlkokulu birleştirilerek Kadırga İlkokulu adını almıştır.

1974-1975 eğitim öğretim yılında okula iki ana sınıfı, bir araç odası, iki depo ve beş derslikten oluşan ek bina kazandırılmıştır.

1992 yılında, Mahmutpaşa Ortaokulu Kadırga İlkokuluna taşınmış ve iki okul Kadırga İlköğretim Okulu adı altında eğitim öğretim faaliyetlerini birlikte sürdürmüştür.

2007-2008 eğitim öğretim yılında okul binası deprem güçlendirme çalışmaları kapsamında yenilenerek daha güvenli hâle getirilmiştir. Ayrıca 2011-2012 eğitim öğretim yılında Fatih Belediyesi tarafından okul bahçesine üç derslikli prefabrik ana sınıfı binası yapılmıştır.

Millî Eğitim Bakanlığı mülkiyetindeki okul binasında 2009-2010 eğitim öğretim yılından itibaren 20 ilkokul dersliği ve 3 ana sınıfı dersliği olmak üzere toplam 23 derslikte tekli eğitim yapılmıştır.

2012-2013 eğitim öğretim yılında, 6287 sayılı Kanun ile yapılan eğitim sistemi düzenlemesi kapsamında okul ilkokul statüsüne dönüştürülmüş ve Kadırga İlkokulu adını almıştır.

Bugün Kadırga İlkokulu, köklü geçmişi, tarihî mirası ve çağdaş eğitim anlayışıyla öğrencilerini akademik, sosyal ve kültürel alanlarda geleceğe hazırlayan seçkin eğitim kurumlarından biri olarak faaliyetlerini sürdürmektedir.