Okul, 1895 yılında o zaman Avusturyalıların işletmesinde bulunan Şark Demiryolları (Sirkeci-Halkalı arası) idaresinin memur ve işçileri için yapılmış bir binadır. Binanın yapımından sonraki yıllarda önce Alman mektebi adıyla daha sona Şark demiryolları işletmesi Fransızlara devredildiğinden Fransız mektebi adıyla yabancı uyruklu öğrencilerin hizmetine verilmiştir. 

1934 yılında Maarif vekaleti bu binanın bulunduğu semtte okul açma ihtiyacı duyulduğundan bu binanın satın alınarak Türk ilkokulu olarak Türk öğrencilere hizmete sunulmuştur. Böylece daha önce Kocamustafapaşa’da bulunan Yağhane namındaki binada ders gören 3 sınıflı ilkokulun öğrencileri, 52. İlkokul adıyla bu binaya 1934 yılında taşınmıştır. 1949 yılından sonra bulunduğu semtin adını alarak Samatya İlkokulu ismini almıştır.

1991 yılında Unesco tüm dünyada Yunus Emre ve Barış Yılı ilan etmesi sebebiyle okula bakanlıkça Yunus Emre İlkokulu adı verilmiştir.

Ayrıca 2013 yılında okulun bahçesine 9 derslikli yeni bir binanın inşaatına başlanmıştır. Yeni binanın inşaatı 2015 yılında Nisan ayında bitmiş olup 2018 yılından beri Yunus Emre Ortaokulu adıyla Eğitim-Öğretime devam etmektedir.