Okul, dönemin şartları gereği kız ve erkek öğrencilerin ayrı okullarda okuması sebebiyle kız öğrenciler için ayrılarak 1897-1898 öğretim yılında “Kuşdili İnas Rüştiyesi” (Kız Ortaokulu) adıyla öğretime açılmıştır. Şimdiki adı İstanbul Anadolu Lisesi olan (yolun karşısındaki bina) okul ise aynı yıllarda Erkek Rüşdiyesi’dir. Bu iki okul, Kızıltoprak’ta köşkü, camisi ve ilk mektebi bulunan Maarif Nazırı Zühtü Paşa tarafından yaptırılmıştır.

1911’de dönemin Maarif Nazırı Emrullah Efendi’nin girişimi neticesinde “Kadıköy Numune Rüştiyesi” adını alan okul, Birinci Dünya Savaşı sırasında Yeldeğirmeni’ndeki Sainte Euphemie (günümüzde Kemal Atatürk Anadolu Lisesi) adındaki yabancı okulun binasına taşınmıştır. Birinci Dünya Savaşı’ndan mağlup çıkan Osmanlı Devleti’nin Mondros Mütarekesi sürecinde okul, yeniden yer değiştirerek Ali Şamil Paşa - Rıdvan Paşa Köşkü (Erenköy Kız Lisesi)’ne taşınmış; 1919’da da ilk binasına tekrar geri dönmüştür. 1919-1920 öğretim yılında ilkokul kısmı kapatılan okulun yalnız ortaokul sınıfları kalmıştır. 1920’de Kadıköy Sultanisi konumuna getirilen okul, Cumhuriyet’in ilanından sonra da bu statüyle öğretime devam etmiştir.

1983 yılında eski Milli Eğitim Bakanı İbrahim Öktem’in adıyla ilkokul olarak eğitim öğretime devam eden okul, 2022-2023 yılında artan güvenlik ve altyapı sorunları yanı sıra deprem riskleri sebebiyle ilkokul statüsünde eğitime kapatıldı. Günümüzde ise bu bina, bulunduğu bölgeye yakın olan ve daha sonra tadilata giren Kadıköy Halk Eğitim Merkezi için geçici eğitim alanı olarak kullanılmaktadır.