Yeniköy İlkokulu’nun kuruluşu, Cumhuriyet’in ilan edildiği yıl olan 1923 yılına rastlamaktadır. Üç sınıflı olarak kurulan okul, o dönemde çamaşırhane olarak kullanılan ve Yeniköy Camisi yakınındaki Taş Yapı civarında bulunan bir yapıda eğitim öğretime başlamıştır.

Mevcut okul binası ise 1933 yılında “33. Okul” adıyla hizmete açılmıştır. Boğaziçi öngörünüm bölgesinde yer alan bu yapı, mülkiyeti İstanbul İl Özel İdaresine ait “bahçeli kâgir okul” niteliğinde olup Erken Cumhuriyet Dönemi mimarisinin önemli örneklerinden biridir ve 2. grup tescilli tarihi eser kapsamında yer almaktadır.

Okul ana bina ve ek bina olmak üzere iki bölümden oluşmaktadır. Ana binada 8 derslik bulunmaktadır. 2001 yılında yapılan ek bina ise Ali Akkanat ailesinin katkılarıyla inşa edilerek 6 derslikli olarak hizmete açılmıştır.