Okul, Ümraniye’nin henüz Üsküdar ilçesine bağlı bir köy olduğu döneme kadar uzanmaktadır. 1944 yılında, günümüzdeki Çarşı Camii’nin yanında bulunan taş binada, üç derslikli olarak Ümraniye İlkokulu adıyla eğitim öğretime başlamıştır. Okulun ilk müdürü Cemile Oyman’dır. O dönemde Ümraniye, bir muhtar tarafından idare edilen ve Üsküdar ilçesine bağlı bir köy durumundadır.

1957 yılında, günümüzdeki okul bahçesinde Kız Meslek Lisesi olarak kullanılan tek katlı, beş derslikli yeni bir okul binası yapılmış ve eğitim öğretime burada devam edilmiştir. Bu dönemde okul müdürlüğünü Vasfi Demirel yürütmüştür. Ümraniye’nin nüfusunun hızla artması nedeniyle beş derslikli okul binası kısa sürede yetersiz kalmış ve okul bahçesine iki baraka sınıf yapılmıştır. 1961-1970 yılları arasında okul müdürlüğü görevini Aziz Turgar, müdür yardımcılığı görevini ise Saim Altan yürütmüştür.

1960-1962 yılları arasında okulda üçlü öğretim yapılmış ve 33 öğretmen görev yapmıştır. 1960-1963 yılları arasında İstanbul Millî Eğitim Müdürlüğü tarafından Esenler ve Yamanevler semtlerine altışar derslikli prefabrik okullar yapılmıştır. Bu okulların açılmasıyla öğrencilerin bir bölümü ve bazı öğretmenler yeni okullara geçmiştir. Bu dönemde mevcut okul 1. Okul, Esenler İlkokulu 2. Okul, Yamanevler İlkokulu ise 3. Okul olarak anılmıştır.

1964-1965 eğitim öğretim yılında dördüncü okulun açılmasıyla birlikte okullar yeniden düzenlenmiş; mevcut okul Zübeyde Hanım İlkokulu, Esenler’deki okul Hasan Tahsin İlkokulu, Yamanevler’deki okul ise Yamanevler İlkokulu olarak adlandırılmıştır. Dördüncü okul ise Ahmet Cevdet Paşa İlkokulu adını almıştır. Aynı yıl Zübeyde Hanım İlkokulunda normal öğretime geçilmiş; ancak nüfusun artmasıyla sonraki yıllarda yeniden ikili öğretime başlanmıştır.

Öğrenci sayısındaki artış nedeniyle mevcut okul binası ve barakalar yetersiz kalınca, İstanbul Millî Eğitim Müdürlüğü tarafından okul bahçesine iki katlı, 18 derslikli yeni bir okul binası yaptırılmıştır. Yeni bina 1968-1969 eğitim öğretim yılında hizmete girmiştir. Açılış töreni, dönemin İstanbul Millî Eğitim Müdürü Ali Yalkın tarafından gerçekleştirilmiştir.

Eski okul binası bir süre müsamereler ve okul sinema salonu olarak kullanılmış, daha sonra Kız Akşam Sanat Okulu ve Kız Meslek Lisesi olarak hizmet vermiştir. Yeni binanın da zamanla yetersiz kalması üzerine, Millî Eğitim Müdürlüğü ve Okul Koruma Derneğinin çalışmaları sonucunda eski bina yeniden ilkokula tahsis edilmiş ve okul iki binada eğitim öğretime devam etmiştir.

11 Ağustos 1988 tarihinde Ümraniye ilçe olmuştur. İlçenin nüfusunun hızla artmasıyla birlikte okul da büyümeye devam etmiştir. Okul müdürlüğü görevini farklı dönemlerde Hasan Hasanlı (1971-1972), Alaeddin Görmüş (1972-1974), Osman Çağlar (1975-1978), Fehmi Tasyurt (1979-1981), Sinan Uğurlu (1981-1983), Hüseyin Tekin (1983-1991), Rahmi Kalkan (1991-1995), Ali Beşir (1995-2010), Ali Kanberoğlu (2010-2015) ve Ebubekir Sıddık Savaşçı (2015-2016) yürütmüştür.

Ümraniye Santral mevkisinde, yedi katlı kapalı spor salonuna sahip modern bir Zübeyde Hanım İlköğretim Okulu binası yaptırılmıştır. Okul, 2011-2012 eğitim öğretim yılında yeni binasına taşınmıştır. Eski okul binası yıkılarak yerine dört katlı otopark ve üst kısmına Ümraniye Meydanı yapılmıştır. Yeni okul binası, Ümraniye’de yapılan ilk ilkokullardan biri olmasının yanı sıra altı katlı modern yapısıyla dikkat çekmektedir.

1 Eylül 2012 tarihinde, Millî Eğitim Bakanlığının 4+4+4 eğitim sistemi kapsamında yaptığı düzenlemeyle okulun statüsü ikiye ayrılmıştır. Okulun bir bölümü Zübeyde Hanım Ortaokulu, diğer bölümü ise Zübeyde Hanım İlkokulu olarak belirlenmiştir. Zübeyde Hanım İlkokulu, aynı binada sabahçı-öğlenci olarak eğitim öğretime devam etmiştir.

Günümüzde Zübeyde Hanım İlkokulu, köklü geçmişinden aldığı eğitim mirasını çağdaş eğitim anlayışıyla birleştirerek öğrencilerine eğitim ve öğretim hizmeti vermeye devam etmektedir.