Bağlarbaşı İlkokulu, Üsküdar ilçesi Bağlarbaşı semtinde yer almakta olup köklü geçmişi 1894 yılına dayanmaktadır. Kurum, Fransızlar tarafından “Saint Marie Fransız Okulu” adıyla eğitim faaliyetlerine başlamıştır. İlk yapı ahşap olarak inşa edilmiş, günümüzde tarihi yapı niteliği taşıyan kâgir bina ise 1904 yılında yapılmıştır.

I. Dünya Savaşı döneminde yapı Fransızlardan alınarak “Cem Sultan” adıyla kullanılmış, savaş sonrasında yeniden Fransızlara devredilmiştir. Bina, 23 Haziran 1934 tarihinde Millî Eğitim Bakanlığı tarafından satın alınarak “48. Mektep” adıyla eğitim öğretime açılmıştır. Kurumun adı 1948 yılında Bağlarbaşı İlkokulu olarak değiştirilmiştir.

Artan öğrenci kapasitesi nedeniyle mevcut yapının yetersiz kalması üzerine, 1968 yılında günümüzde eğitim faaliyetlerinin sürdürüldüğü yeni okul binası inşa edilerek hizmete açılmıştır. Kurum, 1993 yılında sekiz yıllık kesintisiz eğitim uygulaması kapsamında ilköğretim okuluna dönüştürülmüş; 2010 yılında kapsamlı güçlendirme çalışmalarına alınarak elektrik, su ve doğalgaz tesisatları yenilenmiştir. 2013 yılı itibarıyla yeniden ilkokul statüsünde eğitim vermeye başlamıştır.

Tarihi bina, 2005 yılında meydana gelen yangının ardından kapsamlı bir restorasyon sürecinden geçirilmiş ve 2006 yılında yeniden kullanıma açılmıştır. Bir dönem Üsküdar İlköğretim Okulu ve Özel Eğitim İş Okulu olarak hizmet veren yapı, 2007-2008 eğitim öğretim yılı itibarıyla kurumdan ayrılmıştır. Daha sonraki süreçte Halk Eğitim Merkezi olarak kullanılan bina, günümüzde Beylerbeyi Sabancı Olgunlaşma Enstitüsü olarak faaliyetlerini sürdürmektedir.

Kurum bünyesinde 1965 yılında öğrenme güçlüğü yaşayan öğrenciler için özel eğitim sınıfı, 1989 yılında ise ana sınıfı açılmıştır. Tarihi binada sürdürülen bu hizmetler, 2005 yılındaki yangının ardından yeni binaya taşınmıştır.

Yeni okul binası 643 metrekare alan üzerine inşa edilmiş olup iki blok ve üç kattan oluşmaktadır. Bina içerisinde dersliklerin yanı sıra idari birimler, öğretmenler odası, rehberlik servisi, kütüphane, arşiv, konferans salonu, çok amaçlı salon, yemekhane ve diğer destek birimleri bulunmaktadır.

Kurum bünyesinde faaliyet gösteren ana sınıfı, 19/07/2022 tarihinde bağımsız anaokulu statüsüne dönüştürülmüştür. Daha sonraki süreçte Bağlarbaşı Üsküdar Anaokulu’nun kapanmasının ardından okul öncesi eğitim faaliyetleri yeniden ilkokul bünyesinde sürdürülmeye devam etmiştir.

Kurumun eğitim kadrosunda görev yapan önemli isimler arasında edebiyat tarihçisi Mustafa Nihat Özön yer almaktadır. Kurumdan mezun olan tanınmış isimler arasında şair ve yazar Ali Canip Yöntem, şair Yusuf Fahir Ataer, musikişinas Ercüment Sadi Berker, futbolcu ve antrenör Serpil Hamdi Tüzün ile oyuncu ve yazar Yavuzer Çetinkaya bulunmaktadır.