Burhaniye İlkokulu/Ortaokulu’nun tarihi 1927 yılına dayanmaktadır. Kurum, Cumhuriyet döneminde açılan “29. Cumhuriyet Mektebi” olarak eğitim faaliyetlerine başlamıştır.

Kurumun kuruluş sürecinde, Burhaniye Mahallesi sakinlerinden Raşit Bey tarafından bağışlanan iki katlı ahşap bina okul olarak kullanılmak üzere tahsis edilmiştir. Eğitim öğretim faaliyetleri 1928-1929 eğitim öğretim yılında başlamış, kurum ilk mezunlarını 1933 yılında vermiştir.

İki katlı ahşap yapıda sürdürülen eğitim faaliyetleri 1955 yılına kadar devam etmiş; aynı yıl meydana gelen yangın sonucunda bina kullanılamaz hâle gelmiştir. Bunun üzerine günümüzde kullanılan üç katlı betonarme okul binası inşa edilerek eğitim öğretim faaliyetleri yeni yapıda sürdürülmüştür.

Artan eğitim ihtiyaçları doğrultusunda mevcut binanın yetersiz kalması üzerine İstanbul Valiliği tarafından iki ek bina yaptırılmıştır. Söz konusu yapılar, 2006-2007 eğitim öğretim yılında hizmete açılarak kurumun fiziki kapasitesi ve eğitim olanakları geliştirilmiştir.