Kandilli Kız Lisesi, İstanbul Boğazı’na hâkim konumda yer alan tarihî eğitim kurumlarından biridir. Kurumun bulunduğu alanın, tarihî kayıtlara göre Sultan I. Mahmut ile Şeyhülislâm Vani Mehmet Efendi Vakfı’na ait olduğu bilinmektedir.

Günümüzde tarihî kimliğiyle öne çıkan yapı, Sultan Abdülaziz tarafından kız kardeşi Âdile Sultan için yazlık saray olarak yaptırılmıştır. Yapının kesin inşa tarihi bilinmemekle birlikte, Sultan Abdülaziz’in tahta çıktığı 1861 yılından sonraki dönemde inşa edildiği kabul edilmektedir. Yapının mimarı, dönemin önemli Hassa mimarlarından Serkis Balyan Efendi’dir.

Saray yapısının kız öğrenciler için bir eğitim kurumu olarak değerlendirilmesi düşünülmüş; ancak çeşitli nedenlerle bu süreç gecikmiştir. I. Dünya Savaşı yıllarında bina farklı amaçlarla kullanılmış, daha sonra Maarif Nezareti tarafından eğitim hizmetine tahsis edilmiştir. Bu kapsamda kurum, 1916 yılında “Adile Sultan İnas Mekteb-i Sultanisi” adıyla açılmış ve Türkiye’nin ikinci kız lisesi olarak eğitim tarihindeki yerini almıştır.

Kuruluş döneminde kurum; ilkokul, lise ve yuva bölümlerini kapsayan on sınıflı bir eğitim yapısı şeklinde planlanmıştır. Eğitim faaliyetleri ilk yıllarda Almanya’dan getirilen eğitimci Frau Crommer’in yönetiminde sürdürülmüştür. Kurum ilk mezunlarını 1919-1920 eğitim öğretim yılı sonunda vermiştir.

1924-1925 eğitim öğretim yılında gerçekleştirilen düzenleme ile kurum “Kandilli Kız Orta Mektebi”ne dönüştürülmüş ve bir süre ortaokul statüsünde faaliyet göstermiştir. Bölgedeki kız öğrencilerin lise düzeyinde eğitim ihtiyacının artması üzerine yeniden lise statüsüne dönüştürülmesi gündeme gelmiş; gerekli öğretmen desteğinin sağlanmasının ardından kurum, 1931 yılında tekrar lise olarak eğitim vermeye başlamıştır.

1969-1970 eğitim öğretim yılında yeni yapılan modern okul binasına taşınılmış ve eğitim faaliyetleri bu binada sürdürülmeye başlanmıştır. Tarihî yapı ise uzun yıllar pansiyon olarak kullanılmıştır. Ancak 7 Mart 1986 tarihinde meydana gelen yangın sonucunda yapı ağır hasar görmüş ve kullanılamaz hâle gelmiştir.

Yangın sonrasında gerçekleştirilen restorasyon ve yeniden yapım çalışmaları kapsamında, Millî Eğitim Bakanlığı, İstanbul Valiliği ve çeşitli hayırseverlerin katkılarıyla tarihî yapı yeniden ayağa kaldırılmıştır. Proje kapsamında yapı, 2005 yılında “Sakıp Sabancı Kandilli Kültür ve Kongre Merkezi” olarak hizmete açılmıştır.

Kurum binası, 2008 yılında deprem güçlendirme çalışmaları kapsamında yenilenmiş; bu süreçte yeni derslikler kazandırılarak eğitim ortamı modernize edilmiştir.

Kandilli Kız Lisesi, 2018-2019 eğitim öğretim yılı itibarıyla Millî Eğitim Bakanlığı Proje Okulları kapsamına alınmıştır.