Zeynep Kamil İlkokulu’nun tarihi 1878 yılına kadar uzanmaktadır. Kurum, Karacaahmet Mezarlığı’nın bitişiğinde bulunan alanda, sıbyan mektebi olarak eğitim faaliyetlerine başlamıştır.

İlerleyen yıllarda okullara numara verilerek adlandırılması uygulaması kapsamında kurum “17 Nolu Okul” adıyla anılmıştır. Daha sonraki dönemde, bulunduğu alanın geçmişte harman yeri olarak kullanılması nedeniyle kurum “Harmanlık İlkokulu” adını almıştır. 1970 yılında ise bulunduğu semte adını veren Zeynep Kamil Hastanesi’nden esinlenilerek kurumun adı “Zeynep Kamil İlkokulu” olarak değiştirilmiştir.

Eski okul binası üç katlı, yarı kâgir bir yapı olup uzun yıllar eğitim hizmetinde kullanılmıştır. Zaman içerisinde yapının fiziksel olarak yıpranması ve eğitim faaliyetlerini olumsuz etkilemesi nedeniyle bina hakkında kullanılamaz raporu düzenlenmiştir.

Bu gelişmenin ardından Millî Eğitim Müdürlüğü tarafından Zeynep Kamil Mahallesi Harmanlık Sokak’ta yeni okul binası inşa edilmiş, yapı 1974 yılında tamamlanarak eğitim öğretim faaliyetleri yeni binada sürdürülmeye başlanmıştır.