Zübeyde Hanım İlkokulunun ilk öğrenim binası, Bazilika denilen Kızılavlu’nun karşısındadır. Bugün yıkılmış olan bu bina Askerlik şubesi ve Erkek Sanat Okulu olarak da hizmet vermiştir. Yıkılan bina 1922’de Kız okulu olarak açılmış ve daha sonra “Zübeyde Hanım İlkokulu’nun çekirdeğini oluşturmuştur. 1929 yılında Zübeyde Hanım İlkokulu, bugünkü Bergama Lisesi’nin ana binasına taşınmıştır. Bu bina 1915 yılında yapılmaya başlanmış ve 1922 yılında tamamlanmıştır. Önceleri inhisarlar (Tekel) idaresi elinde Reji Binası olarak işlev görmüştür. 1927 yılında ise Yatı mektebi denilen yatılı okul eğitim hizmetine ayrılmıştır. Yatı mektebi 1929 yılında kapatılınca 1930 yılında “Zübeyde Hanım İlkokulu” olarak eğitim ve öğretime hazırlanmıştır. Böylece 1932 yılına kadar ortaokul binası diye bilinen Bergama Lisesi’nin ana binasında tabela asmıştır. Daha 1931 yılında Bergama Lisesi’nin karşısına 8 odalı bir ilkokul binası inşaatı başlamıştı. Çünkü öğrenci artışı hızla büyüyor, bina artışa cevap vermiyordu. 1932 yılında Zübeyde Hanım İlkokulu’nun alt katı tamamlanıyor, küçük sınıflar bu binaya alınıyordu. Böylece Zübeyde Hanım İlköğretim Okulu’nun kendi binasında eğitim ve öğretime başlayışı 1932 yılına rastlar. 1933 yılında ana binada orta okul açılmış fakat Zübeyde Hanım İlkokulu bazı sınıflarını barındırmaya devam etmiş, üst katta ortaokul devam etmiştir. 1934 yılında Zübeyde Hanım İlkokulu bugünkü eski bina diye bilinen binasında fiilen tüm sınıflarıyla görevine başlamıştır. 1993-1994 Eğitim ve öğretim yılında adı ilköğretim okulu olarak değiştirilmiştir. Eski binanın yanında 14 derslik 4 katlı yeni bir bina yapılmıştır. 2003-2004 eğitim- öğretim yılında Milli Eğitim Müdürlüğü ile yeni bina arasındaki bölüm alt kat tuvaletler, üst kat  müzik ve bilgisayar atölyesi olarak düzenlenmiştir.