Karşıyaka Ortaokulu 1932 yılında Bostanlı'da kiralanan bir binada eğitim-öğretime başlamıştır. 02/08/1938 tarihinde Germen ailesinden bakanlığımız tarafından satın alınarak, Kurtuluş sokak 20 numaradaki 7 dershaneli binada normal öğretime başlamıştır. Karşıyaka nüfusunun yıldan yıla artması üzerine bu bina ihtiyacı karşılayamaz hale gelmiş, ilk önce; 1938'de kiralanan ve 1942 yılında istimlak edilen, aynı sokaktaki 53 nolu Fransız Okul DamdeSion binası da ortaokul (şube olarak) emrine verilmiştir. İki bina da 17 dershane ile öğretime devam etmiştir. 1945 yılında, ortaokulun liseye çevrilmesi ile Kurtuluş sokaktaki 20 nolu birinci bina lise olarak, istimlak edilen bina ikinci binayı teşkil etmektedir. 1949 yılında, bina Bakanlıkça liseye tahsis edilmiştir. Bunun üzerine Kurtuluş sokaktaki 7 dershaneli, 20 nolu ilk ortaokul binası, sabahçı ve öğlenci olarak ortak kısım birinci sınıflarının ve lisenin şubesi olarak 1960 yılına kadar öğretime devam edilmiştir. 1960-1961 öğretim yılından itibaren bağımsız KARŞIYAKA ORTAOKULU olmuştur. Bugünkü 16 dershanelik, kaloriferli yeni bina bakanlıkça 1968 yılında yaptırılmış ve 1968–1969 yılından itibaren kullanılmaya başlanmıştır. Ayrıca 1975 yılında okulun bahçesine 4 sınıflık temel eğitim tip projeli işlik bölümü yapılmış ve aynı yıldan itibaren kullanılmaya başlanmıştır. 1987–88 eğitim ve öğretim yılında 54 öğrencilik lisans laboratuvarı yapılmış, kütüphane genişletilerek yeni şekle sokulmuş, müzik salonu düzenlenmiştir.1991-1992 eğitim öğretim yılında               Korum Derneği tarafından Bilgisayar Laboratuvarı açılmıştır. 1992–1993 eğitim ve öğretim yılında asıl binaya 10 derslikli bir ek kat ilave edilmiş; bir toplantı odasına, bir arşive, araç–gereç odasına ve zümre odasına sahip olunmuştur. 1994 – 1995 eğitim ve öğretim yılında EARGED başkanlığınca Müfredat Laboratuvar Okul (MLO) olarak seçilmiştir. Ülke genelinde 208 okulda uygulanması düşünülen projenin içine alınmıştır. Sınıf mevcutlarımız 30'a düşürülmüştür. Öğrencilere tek kişilik masa, sandalye ve dolap sağlanmıştır. Dersliklerimizde teknolojik eğitim kullanılarak ve laboratuvarda uygulamalı dersler yapılarak, öğrencilerimiz ezbercilikten kurtarılmıştır. 1995–1996 eğitim ve öğretim yılında ekipman odası, müzik işliği, iş – teknik atölyesi, resim işliği bünyemize kazandırılmıştır. 1997-1998 öğretim yılında 20+1 bilgisayar odasına sahip olunmuştur. 1997 – 1998 eğitim ve öğretim yılında sekiz yıllık kesintisiz temel eğitime geçmiş ve KARŞIYAKA İLKÖĞRETİM OKULU olmuştur. Karşıyaka Ortaokulu Müdürlüğü 18 1998–1999 eğitim ve öğretim yılında ana sınıfı tüm hazırlıklarını tamamlayarak faaliyete geçmiştir. 1999–2000 eğitim-öğretim yılında kütüphanemiz, Internet kütüphaneye dönüştürülmüştür. 2008-2009 eğitim ve öğretim yılında deprem güçlendirme çalışmaları nedeni ile okulumuz eğitime Mavişehir İlköğretim Okulunda devam etmiştir. 2012-2013 eğitim öğretim yılında 6287 Sayılı Kanun gereği Okulumuzun adı Karşıyaka Ortaokulu olmuştur.