1905 Yılında Arapyan Ispartalyan adında bir Ermeni Tüccarı tarafından yaptırılmıştır. İzmir’in Yunanlılardan geri alınmasından sonra askeri karargah olarak kullanılmıştır.1923 yılında Selanikli Ömer Efendiye verilmiş, aynı zamanda hazineye tapulanmıştır. 1924-1925 yılında okul olarak kullanılmış, 1926’da Hakimiyet-i Milliye İlkokulu adını almıştır. 1929 yılında eski binaya dört derslikli bir ek bina yapılmış, 1964’te de 10 derslikli bugün A Blok dediğimiz ana bina yapılmıştır. 

1927-1928 ders yılında Karantina’daki Sultan Milliye Okulu kaldırılarak öğrenciler bu okula nakledilmiştir. Salon 1955 yılı ilkbaharında hizmete açılmıştır. Okul mevcudunun artması ile bu salon ihtiyaca yetmeyince Okul Koruma Derneği yeni bir salon yaptırmış ve 4 derslik ilave edilmiştir. 1978-1979 ders yılı başında bu bölüm de; hizmete girmiş, aynı yıl okulun adı Ulusal Egemenlik ilkokulu olmuştur. Çevreden okula talebin büyük olması ve okulun ihtiyaca cevap verememesi nedeniyle 1985-1986 ders yılında Milli Eğitim ve Özel İdare işbirliği ile 18 derslikli bir bina daha yapılmış ve bu binanın bir kısmı ortaokul bir kısmı ise ilkokul olarak kullanılmaya başlamış ve o tarihten itibaren okulun adı yine Hakimiyet-i Milliye İlkokulu olarak değiştirilmiştir.

1997-1998 öğretim yılında 8 yıllık eğitime geçildiğinde okulumuzda ilköğretim okuluna dönüşmüş ve okulun adı Hakimiyet-i Milliye İlköğretim Okulu olarak değişmiş, ortaokulla birlikte kullanılan bölüm tamamen o zamanlar ismi Hakimiyet-i Milliye Ortaokulu, bugün ise Misak-i Milli İlköğretim olan okula devredilmiştir.

Okulumuz 2012/2013 Eğitim Öğretim yılında ilkokula dönüştürülmüş ve 2013/2014 yılından itibaren sadece ilkokul olarak eğitim öğretime devam etmektedir.