Okul 1922 yılında Merkez İlkokulu olarak eğitim öğretim hizmetine başlamıştır. Başlangıç binası şu andaki lise binası olan okul, 1936 ve 1942 yıllarında iki defa yangın geçirmiştir. Şu anda İmam Hatip Lisesi binasının yerinde Daru’l-Eytam (yetimler evi) binası olarak yapılan ve 1948 yılında Daday Ortaokulu’na dönüştürülen bina, 1972 yılına kadar Daday Ortaokulu olarak hizmet vermiştir. 1972 yılında Daday Lisesi’nin açılması ile Daday Ortaokulu lise bünyesine katılmış ve 1991-1992 öğretim yılı sonuna kadar eğitimine devam etmiştir. Bu sebeple okul hem Merkez İlkokulu’nun hem de Daday Ortaokulu’nun devamı durumundadır.
İlçe merkezinde Atatürk İlkokulu’nun eğitime başlaması ile Daday Merkez İlkokulu, Miralay Halit Bey İlkokulu adını almıştır. 1992 yılında lise bünyesindeki ortaokul kısmı Miralay Halit Bey İlkokulu ile birleşmiş ve 14/09/1992 tarihinde Miralay Halit Bey İlköğretim Okulu olarak lise binasında eğitim–öğretim hizmetine başlamıştır. Halen okulun bir parçası olan ve 1967 yılında yapılıp pansiyon binası olarak kullanılan ek bina için deprem testleri sonrası yıkım kararı alınmıştır. 2012-2013 eğitim-öğretim yılında 4+4+4 sistemiyle ortaokul okul bünyesinden ayrılmış olup, müstakil Miralay Halit Bey İlkokulu olarak eğitim öğretime devam etmektedir.