Fatih Ortaokulunun tarihçesi, Cumhuriyetin ilanını takip eden öğretim yılında, 1924 yılında açılan Anadolu Okuluna kadar uzanmaktadır. Okul, Postane yanında bulunan binada eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır.1939 yılında meydana gelen Erzincan Depremi'nin ardından, Modern Çarşı'da bulunan Fevzipaşa Okulunun binası da kullanılamaz hâle gelmiş ve Fevzipaşa Okulu, Sakarya Mektebinin binasına taşınmıştır. Sakarya Mektebi de Anadolu Mektebinin bulunduğu binaya taşınmıştır. Böylece Modern Çarşı'daki eski Fevzipaşa Okulu binası boşalmıştır. Fevzipaşa İlkokulunun tarihçesinde, bu binanın yerine 1945 yılında İnönü Mektebinin açıldığı ve daha sonra bu okulun Abdurrahman Paşa Okulu adını aldığı belirtilmektedir. Ancak Kastamonu Millî Eğitim Müdürlüğüne ait 12 No.lu Personel Sicil Defterinde yapılan incelemede, 1928 yılında Rıza Türkoğlu ve Veli Bayrakçı adlı öğretmenlerin “Tosya İnönü Mektebi”nde görev yaptıklarına ilişkin kayıtlara ulaşılmıştır. Bu kayıt, İnönü Mektebinin 1928 yılında mevcut olduğunu gösteren önemli bir arşiv bulgusudur. Günümüzdeki Fatih Ortaokulunun, eski İnönü ve Abdurrahman Paşa okullarının devamı olduğu ifade edilmektedir.Fatih Ortaokulunun kendi kurum tarihçesinde ise okulun 1943 yılında meydana gelen Tosya Depremi sonrasında, 1944 yılında Rüştiye arsası olarak bilinen ve günümüzde Belediye Modern Çarşısı'nın bulunduğu yerde inşa edilen binaya taşındığı ve eğitim-öğretime İnönü İlkokulu adıyla devam ettiği belirtilmektedir.1955 yılında okulun adı Abdurrahmanpaşa İlkokulu olarak değiştirilmiştir. 1968 yılında okul, bugünkü binasının bulunduğu yere inşa edilen tek katlı betonarme binaya taşınmıştır. Zamanla ihtiyaca cevap veremeyen bu bina, yeniden yapılmak üzere yıkılmış ve yeni bina yapılıncaya kadar eğitim-öğretim faaliyetleri geçici olarak Fevzipaşa İlkokulunda sürdürülmüştür.1982-1983 eğitim-öğretim yılında okul, bugünkü binasına taşınmıştır. Daha önce Tosya Lisesi ile birlikte faaliyet gösteren ortaokulun da okul bünyesine alınmasıyla kurumun adı Tosya İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir. 1989 yılında ise okulun adı Fatih İlköğretim Okulu olmuştur.2012-2013 eğitim-öğretim yılında 4+4+4 eğitim sistemine geçilmesiyle okul, Fatih Ortaokulu adını almıştır.