Osmanlı Devletinde 1861 yılına kadar Sıbyan Mektepleri (İlkokullar) ve özel öğretim yoluyla öğrenimlerini yürüten kız çocukları için, 1861 yılından itibaren de Kız Orta Mektepleri açılmaya başlanmıştır. 

Konya’da ilk defa 1875 yılında Kız Orta Mektebi adıyla açılan okul Mahmut Şevket Paşa İlkokulunda eğitim ve öğretime başlamıştır. Başöğretmenliğine Fatma Zağfer Hanım getirilmiştir. Bu görevi 40 yıl aralıksız devam etmiştir. O zaman okulun üç yerde ilkokul şubeleri vardır. (Kıraathane, Akçeşme, Köprübaşı) 

1959 yılından 1965 yılına kadar Kız Lisesi olarak eğitim ve öğretim yapılan okulumuz binasından (Zafer Alanında halen öğrenime devam eden Selçuklu Olgunlaşma Enstitüsü Binası) Kız Lisesinin Atatürk Kız Lisesi adıyla yeni binasına taşınmasıyla 1997-1998 Öğretim Yılına kadar Kız Ortaokulu olarak öğrenime devam etmiştir. 

Okul binasının yetersiz olması nedeni ile Milli Eğitim Bakanlığınca (Konya İl Milli Eğitim Müdürlüğünce yeri belirlenen) Zindankale Mevkisinde 1969 yılında yeni Kız Ortaokulu binasının yapımına başlanmış ve 1976 yılında bitirilmiştir.

1976 yılında Konya Selçuk Üniversitesine geçici olarak verilmiştir. 1997 yılında Selçuk Üniversitesi Edebiyat Fakültesinin kendi binasına taşınmasıyla 1997-1998 Eğitim ve Öğretim Yılında yeni binamızda Kız Ortaokulu olarak öğretime başlanmış, aynı öğretim yılı içerisinde Konya Valiliği (İl Milli Eğitim Müdürlüğünün) kararı ile 1997-1998 eğitim öğretim yılında ismi 20 Ağustos 1997 tarih ve 23846 sayılı Konya Valilik Makam Onayı ile Mareşal Mustafa Kemal İlköğretim Okulu olarak ismi değiştirilerek eğitim ve öğretime devam etmektedir.

1997-1998 Öğretim Yılı içerisinde İl Milli Eğitim Müdürlüğünün 05.05.1998 tarih ve 310/1498 sayılı onayı ile İnkılap İlkokulu Okulumuz bünyesine aktarılmıştır.

2012-2013 Öğretim yılında okulumuz 4+4+4 eğitim sistemine göre ikinci dört olmuş, ismi Mareşal Mustafa Kemal Ortaokulu olarak eğitime devam etmektedir.2025-2026 Eğitim öğretim yılından itibaren normal eğitime geçilmiştir.

Okul arşivinde Demirbaş Eşya Defteri 1965, Devrim İlkokulu Diploma Defteri 1961-1973, Kız Ortaokulu Öğrenci Kütüğü No: 1263-1355, Kız Ortaokulu Öğrenci Kütüğü No: 686-784, Kız Ortaokulu Öğrenci Kütüğü No: 880-974, Kız Ortaokulu Öğretmen ve Memur Sicil Dosyası 1950 (170 tane), Konya Kız Ortaokulu Sınıf Geçme Defteri 1964-1965, Konya Kız Ortaokulu Sınıf Geçme Defteri 1965-1966, Öğrenci Zarfı (2500 civarında alfabetik dizilmiş), Öğretmen Özlük Zarfı (500 civarında)  mevcuttur.