Okul  1959'da Zafer alanında bulunan Kız Ortaokulu binasında Atatürk Kız Lisesi adıyla eğitim öğretime başlamıştır. 1965 yılında Karatay Medresesi arkasındaki kendi binasına taşınması sonucu ilk bina Kız ortaokulu olarak faaliyetini sürdürdü. 

okul 1972 yılında erkek öğrenci de almaya başladı. 

1982 yılında Bakanlık emirleri gereği sadece kız öğrenciler eğitim görmüş ve 2000-2001 Eğitim yılına kadar devam etmiştir. 

2000-2001 Eğitim öğretim yılından itibaren karma eğitime geçilmiş olup adı Atatürk Kız Lisesi'nden Selçuklu Atatürk Lisesi, 2009-2010 yılından itibaren de Atatürk Anadolu Lisesi olarak değiştirilmiştir.