Okulumuz 1931 yılında ortaokul olarak bugün Malatya Milli Eğitim Müdürlüğü`nün bulunduğu yerde ahşap bir binada 17 öğretmen, 256 öğrenciyle eğitim ve öğretime başlamıştır.1933 yılında lise kısmı açılarak Malatya Lisesi adını almış; lise binası ahşap olduğundan 1944 yılı 24-25 Nisan gecesi bir ihmal nedeniyle çıkan yangın sonucu tamamen yanmış olup yerine aynı yıl bir bina yapılmıştır. Eski adıyla Turan Emeksiz yeni adıyla Malatya Lisesi`nin binasının yapılmasıyla okulumuzdan lise kısmı ayrılıp yeni binasına taşındıktan sonra orta kısım 1964-1965 öğretim yılında Atatürk Ortaokulu olarak eğitim ve öğretime başlamıştır. 11 Aralık 1989 yılına kadar Milli Eğitim Müdürlüğümüzün şuan hizmet binası olarak kullandığı binada eğitim ve öğretime devam edilmiş olup,11 Aralık 1989 yılında şimdiki binaya taşınmıştır. Okulumuz 1994-1995 eğitim-öğretim yılından itibaren ilköğretim okulu olarak öğretime devam etmiştir. 6287 Sayılı Kanun gereği okulumuz 2013-2014 Eğitim-öğretim yılından itibaren ortaokul olarak devam etmektedir. Şimdiki eğitim ve öğretim yapılan bina sinema caddesinde, beş konaklar bölgesinde bulunmaktadır.