1880 yıllarındaki kayıtlardan Bodrum’da: birisi Çarşı Mahallesi’nde, diğeri Tepecik Mahallesi'nde olmak üzere iki medrese ve yine Çarşı Mahallesi'nde iki derslikli ibdidaiye(ilkokul), iki derslikli rüştiyenin (ortaokul) bir arada bulunduğu okulda toplam üç okulun varlığı anlaşılmaktadır.

1901 yılında Tepecik Mahallesi’nde, şimdiki Cumhuriyet Ortaokulu’nun deniz tarafındaki bahçe duvarlarının bulunduğu yere halk tarafından iki katlı, tek derslikli bir okul yapılmıştır. Bu okul Örnek Kız Okulu olarak eğitim öğretime başlamış olup ilk başöğretmeni Şakire Hanım’dır. Bu Örnek Kız Okulu şimdiki Merkez Turgutreis İlköğretim Okulu’nun çekirdeğini oluşturmaktadır.

13 Mayıs 1915 tarihinde Duplekx adlı bir Fransız Kuruvazörü top atışlarıyla Örnek Kız Okulu’nu kullanılamaz hale getirmiştir. Bunun üzerine, Örnek Kız Okulu, daha önce Akşam Kız Sanat Okulu olarak kullanılan, Bilal PİLGİR’ e ait Çarşı Mahallesi’ndeki binaya taşınmış, altı derslikle eğitim öğretimini sürdürmüştür. 1927 yılında, erkek ve kız öğrencilerin birlikte okumaları hakkındaki kanun gereğince üç sınıflı bir okul haline getirilmiş ve yakın çevresindeki çocukları üçüncü sınıfa kadar eğitim öğretim görmelerini sağlamıştır.

1931 yılında Muğla Valisi Ömer CEVAT’ın İl Özel İdare Bütçesi’nden ayırdığı otuz iki bin lira ile iki katlı; sekiz dersliği, bir müzesi, bir öğretmenler odası, dört küçük odası ve bir Müsamere Salonu bulunan bir okul yapılmış ve Birinci Okul olarak eğitim öğretime başlamıştır. Bu okul şu anda kullandığımız binadır. 

31 Ekim 1947 günü gece yarısı saat üç sıralarında, alt kattan çıkan yangın sonunda okul tamamen yanmıştır. Öğrencileri İkinci Okul’a – Şimdiki Cumhuriyet Ortaokulu- taşınmıştır.

Milli Eğitim Bakanlığı’nın 07.11.1948 tarih ve 62-11-2849 sayılı emirleri gereğince 01.01.1949 tarihinden itibaren Turgutreis İlkokulu adını almıştır. 1949 yılında Muğla Valisi İbrahim Etem AKINCI’nın İl Özel İdare Bütçesi’nden ayırdığı kırk altı bin yüz on yedi lira ile 31 Ekim 1947 tarihinde yanan bina, tek katlı, beş derslikli, bir Müdür Odası ve bir Öğretmenler Odası olarak yeniden yapılmıştır. Turgutreis İlkokulu 13 Şubat 1950 Pazartesi günü kendi binasına taşınarak eğitim öğretime devam etmiştir.

1957 yılındaki Fethiye Depremi’nden hasar gören okul 1960 yılında Devlet-Okul Koruma Derneği iş birliği ile onarım görmüş ve tek gözlü olan okul tuvaleti dört gözlü hale getirilmiştir. 1967 yılında artan öğrenci sayısı nedeniyle okula iki derslik ve bir salon eklenerek Turgutreis İlkokulu bugünkü (L)görünümlü haline getirilmiştir. 18.08.1997 tarih ve 4306 sayılı yasa ile zorunlu öğrenimin sekiz yıla çıkarılması sonucu okulun adı Turgutreis İlköğretim Okulu olmuştur. Bodrum-Turgutreis Beldesindeki Turgutreis İlköğretim Okulu ile aynı adı taşıması yazışmalarda kargaşaya neden olduğundan okulun adı Merkez Turgutreis İlköğretim Okulu olarak değiştirilmiştir (1976-1977 ve 1985-1986 Eğitim öğretim yıllarında okul Merkez Bucağında bulunduğundan Merkez Turgutreis İlkokulu adını kullanmıştır). Sekiz yıllık öğretimin başlaması sonucu doğan derslik gereksinimi nedeniyle Murat Sinan Atalay Salonu’nun ikinci katına üç derslik yapımı 1997–1998 eğitim öğretim yılında gerçekleştirilmiştir.

 Okulumuz 2012-2013 Eğitim-Öğretim Yılı başında yürürlüğe giren 4+4+4 Eğitim Sistemi kapsamında Merkez Turgutreis Ortaokulu adını almıştır.