Muğla yöresi, 1390 yılında Menteşe Sancağı içinde Osmanlı topraklarına katılmıştır. 1867 yılında Menteşe Sancağı Aydın’a bağlanmış, 1922 yılında Vilayet Teşkilatı’nın kurulması ile Muğla, Cumhuriyet ile birlikte İl olmuştur. 1808 Aydın Vilayeti Salnamesi’ne, göre; Muğla’da: 1 rüştiye, 1 erkek, 1 kız ilkokulu ile gayrimüslimler için 4 okul ve bunların dışında da 14 medresenin olduğu belirtilmektedir. Osmanlı dönemi Tanzimat hareketleriyle gelen eğitim sistemindeki değişiklik sonucunda Muğla’da 1864 yılında bir “Rüştiye” mektebi (ortaokul) açılır. Bu Rüştiye, 1892 yılında beş yıllık “idadi” (lise) olmuş ve bugünkü Kocamustafendi İlkokulu’nda öğretime başlamıştır. Bu okul 1916 yılında “Sultani” adını alarak bugünkü Zübeyde Hanım Mesleki ve Teknik Anadolu Lisesi’nin tarihi binasına taşınmıştır. 1916 yılında bugünkü Kocamustafendi İlkokulu’nda 1 kız idadisi öğretime başlamıştır. Muğla’da ilk modern ilkokul ise 1899 yılında eğitime başlamış, 1917 yılında “Muğla Sultanisi” nin alt katına “Numune Mektebi” adını alarak taşınmıştır. 1928 yılında yapılan harf devriminin halka benimsetilmesi ve yeni alfabenin halka öğretilmesi kapsamında Muğla’da ilk millet mektebi 1 Kasım 1929’da açılmıştır. Millet Mektepleri Talimatnamesine göre kasaba ve köylerde halkı hayata hazırlayacak fikri terbiyeyi vermek üzere Halk Okuma Odaları açılmıştır. Benzer şekilde halkı eğitmek, ulusal kültür ve bilinci oluşturmak için yurt düzeyinde halk üniversitesi niteliğinde halkevleri açılmıştır. Muğla’da ilk halkevi 1933 yılında açılmıştır. Cumhuriyetin 15.yılına kadar yapılan tadilat ve onarımlar sonucu Muğla ilinde toplam 111 ilkokul hizmet vermeye başlamıştır. Muğla’da öğretmen yetiştiren okullar “Darülmuallimin” 1914 , “Darülmuallimat” 1916 yıllarında açılmış ancak her iki okul kısa bir süre sonra kapatılmıştır, tekrar bir öğretmen okulu 1957 yılında Muğla Kız İlköğretmen Okulu olarak açılmıştır. 1939 yılında Muğla’dan İzmir’e Eğitmen adayları gitmiş, burada eğitim aldıktan sonra Muğla köy ilkokullarında görev yapmışlardır. Daha sonra Muğla ve çevresindeki köylerden giden öğrenciler Kızılçullu (İzmir) Köy Enstitüsü’nde öğrenim görerek Muğla’da uzun süre öğretmen olarak hizmet etmişlerdir. Müdürlüğümüz, Cumhuriyet meydanının yanındaki valilik binasında hizmet verirken, 1995 yılında Dumlupınar İlköğretim Okulu bahçesindeki binaya taşınmış, 2015 yılında şu an kullandığımız yeni hizmet binamızda hizmet vermeye başlamıştır. İlimiz, Kasım 2012 yılında TBMM’de kabul edilen 6360 Sayılı Büyükşehir Belediye Yasası ile büyükşehir statüsüne geçmiştir. İlimizin büyükşehir statüsüne geçmesinden sonra Merkez İlçe Menteşe adını almıştır. Fethiye İlçesinin Kemer Beldesi de 2013 yılında Seydikemer ilçesi olarak ilçe statüsüne geçmiştir. Daha önce merkez ilçenin iş ve işlemlerini de yürüten ve toplam 11 ilçe milli eğitim müdürlüğü ile ilin merkez teşkilatı olan müdürlüğümüz, büyükşehir statüsüne geçmesinden sonra 13 ilçe milli eğitim müdürlüğünü bünyesinde barındıran ilin merkez yapılanması olarak hizmete devam etmektedir.