Ordu İl Millî Eğitim Müdürlüğünün kuruluşu ve yapısal dönüşümü incelendiğinde; Millî Eğitim Bakanlığı, Osmanlı Devleti döneminde 17 Mart 1857 yılında Maarif-i Umumiye Nezareti adıyla kuruldu. Bir fermanla tüm yurttaki eğitim-öğretim hizmeti veren kurumlar devlete bağlandı. Bakanlığın talimatı ile illerde Maarif Meclisi, ilçelerde ise Maarif Komisyonu kuruldu. O dönemde kaza olan Ordu’da Maarif Komisyonu kurulur. Araştırmacı Yazar Sıtkı ÇEBİ’ye göre Komisyon ilk çalışmalarına 1904 yılında başlar. Bu komisyonun ilk başkanlığını Ordu Redif Taburu Komutanı Binbaşı Zühtü Efendi yapar. 1905’te ise komisyonun başkanı Felekzâde Süleyman Efendi’dir. 1879’da Nezaret Örgütü yeniden düzenlenmiş, bu düzenlemeler Cumhuriyet döneminde de geçerliliğini devam ettirmiştir.  Kurtuluş Savaşı yıllarında iki eğitim bakanlığı vardı. Ankara’da TBMM Hükümetinin Maarif Vekâleti, İstanbul’da Osmanlı Hükümetinin Maarif Nezareti.23 Nisan 1920’de TBMM açıldıktan sonra Hükümetin 2 Mayıs 1920 tarih ve 3 sayılı Yasa’sı ile “Maarif Vekâleti” örgütlenmiştir. 1920 yılında Maarif Vekâleti Taşra Teşkilatı da maarif müdürlükleri ve maarif, Millî Eğitim Müdürlükleri olarak düzenlenmiştir. 22 Mart 1926 tarih ve 789 Sayılı Teşkilat Kanunu ile Türkiye Maarif Teşkilatı mıntıkalara ayrılmış; her mıntıkada Maarif Emirliği kurulmuştur. Ordu; Gümüşhane, Rize, Giresun, Şebinkarahisar’la beraber Trabzon mıntıkasına bağlanmıştır. Emirlikler sürtüşmelere neden olduğundan 09.06.1931 tarih ve 1834 sayılı Kanun’la lağvedilmiştir. Kurumumuz; 1923’ten 1935 yılına kadar Maarif Vekâletine bağlı olarak emirliklerden sonra ise Maarif Müdürlüğü olarak kurulmuş, 28 Aralık 1935’ten 21 Eylül 1941’e kadar Kültür Bakanlığına bağlı olarak da Ordu Vilayeti Kültür Direktörlüğüne dönüştürülmüştür. Cumhuriyet döneminde MEB örgütü giderek gelişmiş 1933 yılında çıkarılan 2287 sayılı Yasa’yla yeniden düzenlenmiştir. 1949 yılında İl İdaresi Kanunu ile yapılan yeni düzenlemede ilin bir il idare şube başkanı bulunur ve bu sıfatla eğitim hizmetlerinin başkanlığını il millî eğitim müdürlüğü yürütür. Bu bağlamda ilçelerde İlköğretim Müdürlükleri kurulmuştur. Daha sonra İl Millî Eğitim Müdürlükleri, 1983 yılında Millî Eğitim Gençlik ve Spor İl Müdürlüğüne dönüşür. İlköğretim Müdürlükleri de 1985 yılında İlçe Millî Eğitim Müdürlüğüne dönüşmüştür.1992’de yapılan düzenleme ile il ve ilçe teşkilatları kurulmuştur.  12.11.2012 tarihinde 6360 sayılı Kanun ile ilimiz Büyükşehir statüsüne geçtiğinden Altınordu (Merkez) İlçe Millî Eğitim Müdürlüğü oluşturularak Ordu İl Millî Eğitim Müdürlüğünden ayrılmıştır. 28.03.2018 tarihinde Ordu İl Millî Eğitim Müdürlüğü Ek Hizmet Binası hizmete açılmıştır. Bina bünyesinde e-Sınav Merkezi ve Ölçme ve Değerlendirme Merkezi bulunmaktadır. Ordu İl Milli Eğitim Müdürlüğü, Karşıyaka Mahallesinde yapımı tamamlanan Hükümet Konağı Yerleşkesi’ndeki yeni hizmet binasında 21.02.2022 tarihinden itibaren hizmet vermeye devam etmektedir.