Yalıköy İlkokulu 1926 yılında Yalıköy Sahilinde (Şimdiki Liman İçi) eski bir binada ilk olarak hizmete açılmıştır.1934 yılına kadar 3. Sınıfa, 1934 yılından sonra 5. Sınıfa kadar eğitim öğretim yapılmıştır. 1965 Yılında yine şimdiki liman içinde yeni bir ilkokul binası yapımına başlanmış ve 1971 Yılında Eğitim Öğretime başlamıştır. 1971 Yılında eski ilkokul binasında ise Yalıköy Ortaokulu açılarak Eğitim Öğretim sürdürülmüştür. 1978 Yılında şimdiki Yalıköy Ortaokulu binası yapılarak eğitim öğretime devam edilmiştir.

1991 Yılında Ortaokul binasının yanına şimdiki ilkokul yapılarak İlkokul, Ortaokul yan yana 1997 yılına kadar eğitim öğretime devam edilmiştir. 1997-1998 Eğitim Öğretim Yılında 8 Yıllık Kesintisiz Eğitimle birlikte her iki bina tek idare altında Yalıköy İlköğretim Okulu olarak kullanılmaya başlanmıştır.

2012 Yılında 4+4+4 12 Yıllık Kesintisiz Eğitimle birlikte tekrar yeni bina Yalıköy İlkokulu, Ortaokul Binası da Yalıköy Ortaokulu olarak kullanılmaya başlanmıştır. 2012 Yılında başlayan 4+4+4 12 Yıllık Kesintisiz Eğitimle birlikte Ortaokul ve ilkokul  tek idare tarafından yönetilmiştir.  2014 yılının 12. Ayından sonra da İlkokul ayrı, ortaokul ayrı müdürlükle yönetilmeye başlanmıştır. Okulumuz şu anda müstakil müdürlük olarak eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.