Medreseönü İlkokulu, eğitim-öğretim faaliyetlerine Doğanlı Köyü İlkokulu ismi ile 1946–1947 öğretim yılında başladı. 1946 yılında Doğanlı Köyü İlkokulu yapıldı. Köyün adı okulumuza verilmiştir. Yapılan okul binası 22 yıl eğitim-öğretime hizmet etmiştir. 1970 yılında ilkokulun yerine ortaokul binası yapılmıştır. Ortaokul, 1972–1973 Eğitim-Öğretim yılında hizmete açılmıştır. 1970 yılında şimdiki okul binası yapılmış olmakla birlikte yeterli olmaması nedeniyle 1974 yılında ek bina yapılmıştır.1997–1998 Eğitim-öğretim yılında 8 yıllık zorunlu eğitime geçilmiştir. Medreseönü Lisesi’nden 5 derslik daha alınarak eğitim-öğretim yapılmıştır. 2006-2007 eğitim-öğretim yılında Medreseönü Lisesinin öğrenci azlığı nedeniyle kapanmasından sonra, lise binası İlköğretim okuluna tahsis edilmiştir.1997–1998 Eğitim-Öğretim yılı ders yılı başından itibaren 4306 sayılı Kanun gereği okulumuzda 8 yıllık eğitime geçilmesi ile 1999–2000 Eğitim-Öğretim yılı sonunda 27 öğrenci mezun vermiştir.

Medreseönü Beldesinin eski köy adı, Doğanlı Köyü olup, okulumuzun bulunduğu mahallenin adı (Doğanlı Mahallesi) okulumuza isim olarak verilmiştir. Yani köyün eski adı okula verilerek, “Doğanlı İlköğretim Okulu” olmuştur. Daha sonra Perşembe İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü’nün 15.10.2003 tarih ve 300/3869 sayılı yazıları ile “MEDRESEÖNÜ İLKÖĞRETİM OKULU” olarak isim değişikliği yapılmıştır. 

2012-2013 Eğitim-Öğretim Yılı itibariyle Bakanlığımız aldığı karar doğrultusunda okulumuz Medreseönü İlkokulu ve Medreseönü Ortaokulu olarak isim değişikliği yapılmıştır. MEDRESEÖNÜ İLKOKULU 2014-2015 Eğitim-Öğretim yılı itibariyle Medreseönü Ortaokulu olarak eğitim öğretime bugün de devam etmektedir.