Okulun ilk binası 1905 yılında inşa ettirilmiştir. 1906 yılında eğitim-öğretime açılmıştır.  İlk adı" Feyziye Mektebi" olan okul binası üç katlı idi. Okulda sırasıyla iptidai ve rüştiye (ilk ve orta) öğretimi yapılmıştır. 1928 yılından itibaren ilkokul olarak eğitim-öğretime devam edilmiştir. 1935-1936 öğretim yılında okulun adı değiştirilerek "Anafarta İlkokulu" olmuştur. Okul Binasının 1939 Erzincan depreminde üçüncü katı hasar gördüğünden üst katı yıkılmış ve iki kat olarak eğitim-öğretime devam etmiştir. 1975 yılında artan öğrenci ihtiyacına cevap veremediğinden bina yıkılıp yerine yeniden inşa edilmiştir. 1997-1998 Eğitim-Öğretim yılında sekiz yıllık kesintisiz ilköğretim uygulamasına geçilmiş ve okulun adı da "Anafarta İlköğretim Okulu" olarak değiştirilmiştir. 1999-2000 Eğitim- Öğretim yılında okul Atatürk Mahallesindeki yeni binasına taşınmış olup burada eğitim-öğretime devam etmiştir. 2012-2013 Eğitim-Öğretim yılı itibariyle okulumuz 4+4+4 eğitim-öğretim sistemine bağlı olarak "Anafarta İlkokulu" ve "Anafarta Ortaokulu" olarak iki ayrı okula ayrılmıştır. Aynı binada ikili eğitim-öğretim yapmaya başlamıştır. 20/08/2020 tarihinde şu anki binasına taşınarak ilkokul olarak eğitim öğretime devam etmektedir.