Okulumuz ilk defa hicri 587 miladi 1192 tarihinde Selçuklu hükümdarı Selahaddin Eyyubi adına Mevlana Melik Selahaddin Yusuf bin Eyyub tarafından şimdi de mevcut olan Ulu Cami avlusunun doğu köşesine medrese olarak inşa edilmiştir. Daha sonra 1930 tarihinde Vatan İlkokulu ile birlikte aynı binada Atatürk İlkokulu adı altında eğitim ve öğretime devam etmiştir. 1979 yılında eski Urfa Lisesinin öğrenci pansiyonu olarak bilinen binaya taşınmış ve o günden beri aynı binada Atatürk İlk/Ortaokulu adı altında eğitim ve öğretime devam etmektedir.