Okulumuz 1934 yılında halk tarafından imece ile yapılarak öğretime açılmıştır. Daha sonra 1974 yılında büyük onarım görerek iki katlı hale getirilmiştir.1997 yılında İl Özel İdaresi´nden sağlanan katkı ile çerçeveler PVC yaptırılmıştır. Aynı yıl çevre imkanları ile bahçe duvarları sıvatılarak üzerlerine tel örgü çekilmiştir. Okul koruma altına alınmıştır. Yerler karo taşla kaplanmıştır. Okul bahçesindeki Atatürk Büstü değiştirilerek mermer kaplanmıştır. Ayrıca hidrofor teşkilatı kurularak su sorunu çözülmüştür.1997 yılı içinde Tekirdağ Eğitim Vakfı´nın katkılarıyla öğretmenler odası Anasınıfına katılıp yeni bir kapı açılmıştır. Anasınıfı girişi ayrılarak, sınıf tabanına parke, duvarlara lambri döşenmiştir.
1994 yılında inşaatına başlanan yeni bina 1998 yılında bitirilerek eğitim öğretime açılmıştır. İki binaya kalorifer tesisatı döşenmiştir.
2012-2013 Eğitim Öğretim yılında 6287 nolu yasa ile 12 yıllık kesintisiz eğitime geçilmiş ve bu kapsamda Mürefte İlköğretim Okulu iki ayrı binaya sahip olduğundan ön bina Mürefte İlkokulu´na, arka bina ise Mürefte Ortaokulu´na dönüştürülmüştür. Okul bahçesi de yeni sistem gereği duvarla ikiye bölünmüştür.
2020 şubat ayında deprem güçlendirme kapsamına alınan Mürefte ilkokulu yaklaşık olarak 3,5 yıl (6 Kasım 2023) Mürefte lisesi binasında eğitim öğretime devam etmiştir.  Bu süreçte Mürefte lisesinde uygulanan ikili öğretim nedeniyle eğitim öğretim faaliyetlerine öğlenci olarak faaliyetler yürütülmüştür.
2023 yılı Nisan ayı itibariyle başlayan deprem güçlendirme kapsamında; okulun fiziki deprem güçlendirme çalışmaları ile beraber yeni bir kazan dairesi kurulmuş ve kalorifer sistemi bakım onarımdan geçmiştir. Baştan sona yenilenen okulumuz 06.11.2023 tarihi itibariyle kendi binasında eğitim öğretime devam etmektedir.