Niksar’da ilk eğitim müessesesi Danişmentli hükümdarı Nizamettin YAĞIBASAN tarafından kurulan Yağıbasan Medresesi’dir. Bu medrese, Türklerin Anadolu’da kurduğu ilk medrese (üniversite) olarak kabul edilmektedir. 1158 yılında kurulan medrese cumhuriyete yakın bir döneme kadar işlevini sürdürmüştür. 1455 yılında Niksar’da 4 medrese bulunmaktaydı. Bu sayı o dönemde Niksar’da eğitim ve kültür seviyesinin ne kadar yüksek olduğunu göstermektedir. 1883 Sivas Salnamesine göre Niksar’da 4 tane Müslümanlara, 2 tane gayrimüslimlere (Rum-Ermeni) ait okul bulunmaktadır. Niksar’da ilk kurulan okul, 1884’te açılan Rüştiye Mektebi olup daha sonra Cami-i Kebir İlk Mektebi adını almıştır. Cumhuriyetin ilanından sonra açılan ilk ilkokul 1929 yılında Gazi Ahmet Danişment İlk Mektebi’dir. Bunu Albayrak Muhtelif İlk Mektebi izlemiştir. Niksar Gençlik ve Spor İlçe Müdürlüğü olarak 1938 yılında kuruldu. İlçemizde 1985 yılına kadar İlköğretim kurumları, İlköğretim Müdürlüğünce, Ortaöğretim Kurumları ise Niksar Lisesi Müdürlüğünce geçici olarak yürütülmüş, 1985’ten itibaren iki kurum birleştirilmiştir ve İlçe Milli Eğitim Gençlik ve Spor Müdürlüğü olarak yeniden örgütlenmiştir. 1992 yılında ise İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü olarak hizmet vermeye başlamıştır. Müdürlük Hizmet Binamız deprem riski nedeniyle yık yap projesi kapsamında yıkılmış ve akabinde 2022 yılı sonunda yapımı tamamlanan Hükumet Konağına Ocak 2023 tarihinde taşınarak hizmet vermeye devam etmektedir. İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü olarak TKY ödül sürecinde Türkiye’de ilk olarak Kaliteli Ekip dalında İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü olarak “Kalite Beratı” almıştır.