Zile İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü 1923-1974 yılları arasında Hüseyin Gazi İlkokulunda İlköğretim Müdürlüğü olarak hizmet vermeye başlamıştır. Hüseyin Gazi İlkokulundan sonra, daha önce Kız Meslek Lisesi olarak kullanılan tarihi bir binada yine İlköğretim Müdürlüğü olarak hizmet vermeye devam etmiştir. 1982-1985 yılları arasında İlköğretim Müdürlüğü hizmet verirken, aynı zamanda ikinci bir müdürlük daha vardı. O da İlçe Eğitim Müdürlüğüdür. Yani eş zamanlarda 2 ayrı müdürlük ilçemizde hizmet vermiştir. 
Zile İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü, 14/6/1973 tarihli ve 1739 sayılı Millî Eğitim Temel Kanunu ve 25/8/2011 tarihli ve 652 sayılı Millî Eğitim Bakanlığının Teşkilât ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname hükümlerine dayanılarak hazırlanan Millî Eğitim Bakanlığı İl ve İlçe Millî Eğitim Müdürlükleri Yönetmeliği çerçevesinde verilen görevleri yürütmektedir.  Müdürlüğümüz Milli Eğitim Bakanlığı'nın Zile'deki taşra teşkilatıdır. Görev tanımı çerçevesinde Bakanlığımızın kendisine verdiği görevleri yerine getirmektedir.
İlçe Milli Eğitim Müdürlüğü Öğretmenevi ile paylaştığı şimdiki binasına 1990 yılında taşınmıştır ve aynı binada hizmet vermeye devam etmektedir.