1948 yılında Ernis Köy Enstitüsü bünyesinde İskele Kız Uygulama Okulu olarak 60 öğrenci ile eğitim öğretime başlamıştır. 
1954- 1962 yılları arasında İskele Yatılı Bölge Kız Okulu olarak eğitim öğretim hizmeti vermeye devam etmiştir.
1962-2011 İskele Yatılı Bölge Okulu (Kız –Erkek)( İskele Yatılı Bölge İlköğretim Okulu) olarak hizmet vermiştir. 2011 yılında meydana gelen Van Depremi sonrası yatakhane binası, ilkokul derslik binası ve lojmanların yıkılması sebebiyle farklı bir okul bünyesinde eğitime devam etmiştir. 
2014 yılından itibaren eski yerleşkesinde İskele Ortaokulu (sadece gündüzlü) olarak eğitim öğretime devam etmiştir. Temmuz 2025 yılında okulun bütün binaları yıkılmış olup eğitim öğretime yeni eğitim binası yapılana kadar Gökmavisi Anaokulunda geçici olarak devam edilmektedir.