1944 Yılında 3 sınıflık olarak köy odası ve camii yanındaki odalarda eğitim öğretime başlamıştır.

1950’li yıllarda tek kat 5. Sınıf olarak şu an kasaba halkının kullandığı Belediye Parkına yapılmıştır.

1969 yılında bugünkü Eymir Lisesinin bulunduğu bina Eymir İlkokulu olarak devlet tarafından yapılmıştır.

1989 yılında ise şu an kullandığımız bina Devlet-Millet işbirliğiyle Lise binası olarak yapılmıştır.

1997 yılında ilköğretim kademesinin başlamasıyla Eymir İlköğretim Okulu binası okula yetmez hale gelmiş; 2.Kademe öğrencileri Lise binasında eğitim öğretime devam etmek zorunda kalmışlardır.

2001 yılında Yozgat Valiliğinin 11/09/2001 gün ve 15174 sayılı oluru ile Lise ile binalar değiştirilmiştir.

2012-2013 eğitim öğretim yılında 4+4+4 sistemi gereği aynı bina İlkokul ve Ortaokul olarak ayrılmıştır. İsmi Eymir ilköğretim Okulu olun okulumuz Eymir İlkokulu ve Eymir Ortaokulu olarak değiştirilmiştir.

2016-2017 eğitim öğretim yılından itibaren Eymir Ortaokulu (5.sınıflardan başlayarak) kademeli olarak Eymir İmam Hatip Ortaokulu’na dönüşümü başlamıştır.

Okul halen 3214 m2 alana sahip okulda aynı binada ilkokul ve ortaokul olarak tam gün ve taşımalı olarak eğitim öğretime devam etmektedir.